Facilitar el estudio de la incidencia de las variantes genéticas del virus e identificar nuevas variantes es el eje vertebral del protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2. Para ello, Sanidad señala que establecerá una Red de laboratorios que desarrolle las capacidades de secuenciación. El documento ha sido elaborado por la Ponencia de Alertas y Planes de Preparación y Respuesta del Ministerio de Sanidad, dependiente de la Comisión de Salud Pública del Consejo Interterritorial, con la participación del Instituto de Salud Carlos.
El protocolo ha establecido varios objetivos a los que hacer frente. En primer lugar, Sanidad asegura que la integración de la secuenciación en la vigilancia ayudará a determinar la incidencia de las variantes de interés para la salud pública en el conjunto de la población. Por otro lado, la identificación precoz de nuevas variantes está bajo el punto de mira del ministerio. En este sentido, ayudará a determinar posibles aumentos de transmisibilidad, aumento de virulencia, sospechas de fallos vacunales, sospechas de reinfección, así como cambios fenotípicos que afecten al control epidemiológico.
Integración del sistema de vigilancia epidemiológica
Para Sanidad, este protocolo es importante para el control de la pandemia ya que pueden darse casos en los que algunas variantes “aumenten su transmisibilidad o virulencia, o permitan al virus escapar a la acción de los anticuerpos neutralizantes generados tras una infección natural o la administración de una vacuna”.
Esta red estará coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el Centro Nacional de Microbiología del ISCIII. Este último actuará como nodo central ante la Red de laboratorios en lo referente a aspectos científico-técnicos relacionados con la secuenciación y la armonización de procedimientos.
Los centros participes de esta vigilancia deberán estar coordinados por las autoridades sanitarias de salud pública. En este sentido, cada comunidad autónoma designará qué laboratorios forman parte de esta red.
Dicho protocolo recoge que “al menos una parte representativa de las secuencias que se ajusten a criterios de calidad internacional se compartirán con el Centro de Microbiología”. Además, este será el encargado de comunicar los resultados de secuenciación a los organismos de vigilancia internacionales. En este sentido, destaca la Organización Mundial de la Salud (OMS) y el Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC).
Recomendaciones internacionales
Asimismo, el protocolo determina el procedimiento para la identificación y seguimiento de las variantes circulantes en España, y una metodología para que la información se integre en el Sistema de Vigilancia Epidemiológica en España (SiViEs). Este sistema lo gestiona el Centro Nacional de Epidemiología del ISCIII junto con el Ministerio de Sanidad y las comunidades autónomas como parte de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE). Además, se incluye una guía para la toma, envío y manejo de muestras.
Sanidad señala que el documento se ha redactado en consonancia con las recomendaciones europeas e internacionales. Al respecto, el ECDC ha propuesto varias medidas de salud pública para contener la transmisión comunitaria de variantes de interés.
Estas medidas, reflejadas en el protocolo, incluyen la detección precoz de la circulación de las variantes mediante secuenciación genómica en grupos diana; la determinación de la incidencia de casos de dichas variantes en la población; el seguimiento de casos y contactos, y las posibles restricciones de movimiento a estas zonas.
Seguimiento de variantes circulantes en España
Considerando la capacidad actual de los laboratorios españoles, el protocolo ofrece una serie de principios para desarrollar el seguimiento de las variantes circulantes en España. En primer lugar, establece que la secuenciación debe realizarse de forma planificada y representativa. Un laboratorio por CC.AA será el encargado de enviar las muestras. En las regiones que cuenten con mayor población, serán varios laboratorios los designados.
Sanidad indica que se seleccionará un número de muestras de forma aleatoria y representativa de las muestras recibidas semanalmente con Ct<30.
El 80 por ciento de ellas corresponderán a muestras procedentes de atención primaria (AP) y 20 por ciento de atención hospitalaria (AH).
En este contexto, el Ministerio destaca que esta selección “deberá tener en cuenta que no todas las muestras deben proceder del mismo origen (por ejemplo, formar parte de un mismo brote)”.
Aunque el objetivo es alcanzar de forma progresiva los porcentajes de secuenciación propuestos por la Comisión Europea, Sanidad propone analizar un número de muestras que se sitúen alrededor del 1-2 por ciento de los casos diagnosticados en cada CCAA. Estos deberán ir incrementándose según las capacidades de cada Comunidad.
Por último, Sanidad indica que el protocolo estará en permanente revisión en función de la evolución de la pandemia.
